《异度传说》

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。

到了四千年多后，在故事开始前十五的T. C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。

在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U. M. N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M. O. M. O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M. O. M. O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M. O. M. O.的安全。

另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。

另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。

但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

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第1话覚醒

Ｔ．Ｃ．4767年－－－発祥の地である地球を棄ててから四千年、人類は未知の存在グノーシスの出現によって、危機に瀕していた。技術者シオン・ウヅキが乗り込んだ星団連邦軍の巡洋艦ヴォークリンデは、ゾハルと呼ばれる謎の物体を回収する。だが、それはグノーシスを呼び寄せる行為に他ならなかった。
第2话

巡洋艦ヴォークリンデ艦内で、グノーシスに襲われるシオン。その危機を救ったのは、シオンが開発主任を勤めていたＫＯＳ－ＭＯＳであった。だか、ＫＯＳ－ＭＯＳはシオンすら知らない謎の司令に従い、ゾハルを確保しようとする。
第3话

ＫＯＳ－ＭＯＳは武力行使で貨客船エルザを停船させ、カーゴベイに乗り込む。だが、乗客であるサイボーグ・ジギーが襲いかかってきた。同じく回収されたシオンが止めに入るが、ジギーとその被保護対象であるモモは、奇しくもＫＯＳ－ＭＯＳと同じ第二ミルチアを目的地としていた。
第4话

星団連邦に属するジギーの任務は、武装組織Ｕ－ＴＩＣ機関に拉致されたモモを奪回、第二ミルチアへ送り届けることだ。エルザを襲ってきた戦闘艦も、Ｕ－ＴＩＣ機関のものだった。操舵士トニーのテクニックにより、危機を逃れるエルザ。
第5话

宇宙空間へ出たＫＯＳ－ＭＯＳが、数万体のグノーシス群を吸収してしまった。自分も知らないＫＯＳ－ＭＯＳの能力に、不安を覚えるシオン。そして、傷ついたエルザは巨大戦艦デュランダルに収容される。デュランダルを所有する特殊財団クーカイ・ファウンデーションが、エルザの雇い主だったのだ。
第6话

デュランダルは根拠地であるクーカイ・ファウンデーションに入港した。シオンたちを出迎える、財団の代表理事ガイナン・クーカイ。平和なファウンデーションの街で、シオンたちはひとときの安らぎを得る。だが、執拗にモモのうちに眠るＹ資料を狙うＵ－ＴＩＣ機関は、新たな謀略を発動させていた。
第7话

星団連邦軍に拘束されてしまうシオンたち。だが、指揮官ラピス大尉はヘルマーが軍内部に送り込んだ同志であった。ラピスの協力により、デュランダルから脱出したシオンたちは、ファウンデーションの市街地へ向かう。
第8话

エンセフェロンにおいて、攻性プログラムを撃破したシオンたち。だが、シオンは謎の少女ネピリムの導きにより、14年前の旧ミルチアを追体験させられてしまう。それは、シオンが両親の死を目撃した日だ。一方、Ｊｒ．もまた、兄弟であるＵＲＴＶたちと決別した日を再現されていた。つらい過去にうちひしがれる二人。
第9话

星団連邦軍への叛乱の嫌疑も晴れ、ついに第二ミルチアに到着するクーカイ・ファウンデーション。だが、アルベドがネピリムの歌声を使用したことにより、グノーシスの大群が出現する。市街地に潜入してきたグノーシスを迎え撃つシオンたち。
第10话

市街地に侵入したグノーシスは駆逐されたものの、モモが連れ去られてしまった。自分とアルベドとの因縁を、シオンたちに語るＪｒ．。だが、グノーシスの攻撃はさらに激化する。そこに現れたのは、ヴェクター根拠地である曙光であった。
第11话

相転移咆によって、空間の歪みから引きずり出されたのは、かつてヨアキム・ミズラヒが作った研究プラントであった。アルベドは天の車の中で、モモのうちに眠るＹ資料を探索する。単身、モモを救いに行こうとして、ジギーと衝突するＪｒ．。だが、モモを思う気持ちはシオンたちも同じだ。
第12话

キルシュヴァッサーと融合した変異シメオンを倒さねば、第二ミルチアが壊滅する。苦悩するシオンに、ＫＯＳ－ＭＯＳがキルシュを救出する作戦を提案する。シオンの信頼に応え、作戦を成功させるＫＯＳ－ＭＯＳ。だが、天の車は第二ミルチア大気圏へ突入しはじめた。