若叶镇的健太培育神奇宝贝与人对战和神奇宝贝一起变强，在这个世界是极为普通的男孩子。
他与伙伴火暴兽们一同旅行。
有一天，在他落脚的神奇宝贝中心，偶然与青梅竹马的玛莉娜再度见面。
想彼此确认对方现在的实力，两人展开了神奇宝贝对战，但突然间足以震动大地的惊人雷声轰下，天空布满了雷云，闪电也打了下来…
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