《向日葵！》

充满了日本风情的偏僻乡村——霞高原町，俗称“霞之里”。

在村里有两所极其特殊的忍者院。

一天，有一男一女来到了这个村子，男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人，可是他并不知道这是一所忍者学校，而另一个就是故事主角，为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。

向日葵转校的第一天，遇上了新上任的万里小路隼人老师，产生了一见钟情的感觉，于是向日葵就把他当成了自己的真命天子。

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第1话ご主人様をお守りします

大凧に乗り霞の里を訪れるふつーの女の子・ひまわり。着陸しようとした瞬間、バランスを崩し大鳥居に引っ掛かってしまったひまわりを新任教師・ハヤトが助ける。その時、ハヤトの首筋にある痣を見たひまわりは、10年前の飛行機事故から自分を助けてくれた黒装束の忍者の事を思い出し、思わず｢運命の人?｣と呟く。その様子をくノ一候補生・しきみ、あざみ、ゆすら、ヒメジが影から見ている。忍者学校だと知らずに赴任してきたハヤトは、校長・やつがしらに辞めると告げる。下山するハヤトを説得しようとひまわりが追いかける。
第2话決して惚れてはならぬのです

初授業に緊張するひまわり。いつの間にかひまわりたちの担任になったハヤトも、山での野草授業に同行する。やつがしらは生徒たちに｢山で男子生徒と接触したら重い刑罰。くノ一に恋は御法度! ｣と釘をさす。薬物学を得意とするしきみは、一人薬草探しに行ってしまう。やつがしらからしきみを探すよう言われたハヤトと、それを追ってきたひまわりは、案の定道に迷ってしまう。そんなハヤトを影から見やる謎の忍者・・・。一方、珍しい薬草を発見し喜ぶしきみは、傍にある穴に落ち、怪我をした男子忍者・ナナフシと出会う。
第3话死んでも口は割らぬのです

夏のある日。校庭にある地蔵の頭が、別の物にすり替えられている事に気付くハヤトは｢男子校とのカラクリ試合が近い印｣だとあざみとゆすらから聞く。興奮するひまわりは情報収集するべく、男子生徒の後をつけお好み焼き屋へ入ると、そこに変装したあざみがいる!ひまわりに気付かないあざみは、なにやら怪しい行動をみせる・・・。一方ハヤトは、行方不明になったカラクリ担当・小葉キュウリ先生に代わり、カラクリ試合を担当するようやつがしらに言われ、戸惑いつつも引き受ける。そしてひまわりたちにも協力してほしいとお願いする。
第4话盗みは忍びの恥ですもの

ハヤトの担当科目一般教養の出席率が悪いため、生徒たちを5人1組の班に分け、連帯責任制をとる学校。ひまわりと同じ班になったしきみ、あざみ、ヒメジ、ゆすらは呆然。給料カットに落ち込むハヤトは、木の上にあったやつがしらの福助人形を落とし壊してしまう!ハヤトを心配し駆け寄るひまわり。さす毛、ハンゾウ先生からやつがしらの恐ろしさを聞かされたハヤトは決意する・・・。ハヤトを想うひまわりは、設計図を求め、地獄の旧校舎へ忍び込む!5人1組の事を思い出したしきみたちもひまわりの後を追い忍び込む。
第5话くのいち御法度バレンタイン

ハヤトの前で失敗し、落胆するひまわりは、部屋でバレンタインと書かれた巻物を見つめる。ハヤトは、やつがしらから言われた転校生を迎えに行く途中、またしても大凧を目撃する。大鳥居に引っ掛かるも、容易に降り、お好み焼き屋へと入っていく少女・風間椿。ハヤトは大鳥居から降ろした大凧を椿に渡す。その瞬間｢ご主人様｣と膝をつく椿に困惑するハヤト。翌日、ハンゾウ先生の調理実習で黙々とチョコを作るひまわりと椿。そこへ突然入ってきたハヤトを見て｢ご主人様｣とつぶやく椿に驚愕!そして対峙するひまわりと椿。
第6话忍びの修行は命がけ

ひまわりたちが受けている水遁の術の授業に付き合わされ、溺れるハヤト。その向こうでひまわりもまた溺れている。ハヤトを守れない自分の未熟さを悔やみながらも前向きに修行に励むひまわり。そんなひまわりを見ていたあざみは蓬莱山の滝にいる伝説の修験者の事を語りだす。ひまわりはしきみたちと一緒に蓬莱山の滝へやって来る。盛り上がるヒメジを押さえようとし、滝壺に落ちてしまうひまわり!またしても溺れるひまわり。しかしひょんなことから滝が割れ、煙の中からちんまりしたヨボヨボのじいさんが現れる!
第7话無駄な殺生はいたしませぬ

サバイバル授業を受けているひまわりたち。またしても授業に付き合わされるハヤト。文句を言いながら散策するハヤトは、何かにつまずき転ぶ。そこには地蔵のような石が倒れ割れている。すると、激しい揺れと共に地面に亀裂が入り、逃げ出すハヤト。一方ヒメジも、機関銃を乱射し、ハヤトが割った物と同じような石を壊してしまう!すると、またしても激しい揺れと共に地面に亀裂が入り、落ちてしまうヒメジ!その亀裂の底には人工的な遺跡のようななものが!薄闇の中歩き出すヒメジは、唸り声のようなものに怯え立ち止まる。。。
第8话みんなまとめてお守りします

今日は変装の特別授業。そこへやってくるハヤトに、ひまわりは教室の間違いを伝える。だが、実はそのハヤトこそが変装の達人・武智五郎先生だと聞き、驚愕するひまわり。授業中、しきみ、あざみ、ゆすら、ヒメジは見事な変装を見せるが、ひまわりはコスプレレベル・・・。肩を落とすひまわりは、武智先生に教えを乞う。ひまわりの真剣さに思わず後ずさる武智先生は、謎の忍者たちが仕掛けた罠にかかってしまう!そこにハヤトが現れ、武智先生を救う。しかし、実はひまわりが話していたハヤトこそが、本物のハヤトだった!
第9话忍者の忍はしのぶ（恋）の忍

ひまわりは心身を鍛えるため朝練を始め、神社にいつもお祈りをしている。すると、ひまわりにイイコトが起き始める。失くした電蔵タオルが出てきたり、突然豚玉が届いたり、宿題が終わっていたりと。だがひまわりはマイペースに過ごす。そんなひまわりを陰から見つめる謎の人物。翌早朝、昨夜女子寮に忍び込んだ者の話をしているやつがしらたち。その様子を見ているしきみたちの所に朝練を終えたひまわりがやって来て、最近起きたイイコトを話す。その異常さからひまわりの部屋を調べるしきみたち。なにやら不思議な米粒をゆすらが発見する。
第10话忍びに情けは無用なのです

志能備学園・中間試験。緊張した面持ちのひまわりと、いつになく真剣な表情で答案用紙に向かうあざみ、ゆすら、ヒメジ。放課後、もんじゃ屋にて自己採点するひまわりたち。でもしきみだけは体調不良のため帰宅している。ひまわりはしきみのお見舞いに行こうとみんなを誘うが、自己責任ということで断られる。だが、しきみを心配するひまわりは、一人差し入れを持ってしきみの部屋を訪れる。そして翌朝、最終実技試験。ハンゾウ先生から驚愕のルールを聞き、どよめくひまわりたちをよそに、試験開始のホラ貝が鳴り響く!
第11话切っても切れない絆なのです

授業が終わり、帰宅途中のひまわりたち。明日の遠足が楽しみなひまわり。だが、志能備学園の遠足はただの遊びではない。万年雪の山へ登山。南国育ちのヒメジは、文句を言いつつ、身を震わせる。そんな中、ゆすらは米澤くんとのデートにスキップしながら向かう。翌日、冬の格好をして集まったひまわりたちは、頂上でまつやつがしら特製お汁粉を目指して、山を登り始める。すぐに精一杯なハヤト。上機嫌なひまわりたち。だが、一人元気がないゆすら・・・。そんなゆすらの顔を、懐にいるもも太は心配そうに見上げる。
第12话主従ゲンカは犬も食わぬ

ハヤトは寮賃を滞納してしまい、電気・ガス・水道をちょろぎに止められてしまう。深夜人目を忍び、ハヤトに部屋の風呂を貸すひまわり。ところが、お湯の温度について口論となる2人。イラつくハヤトはひまわりの部屋を出る。銭湯へ向かう途中、森の中で古びた煙突を発見するハヤト。ハヤトが銭湯と勘違いし訪れたのは元火葬場。そして、煙突の一部が崩壊した途端、お湯が噴出する!桶に溜まったお湯に浸かるハヤトは、森の先にあるご神木乙女桜を気付き見る。その乙女桜の近くに不思議な光をまとう少女の姿が浮かび上がる・・・。
第13话命あっての家来です

神社で修行に励むひまわり。だが突然、首元に吹き矢が刺さり気絶し、そして謎の忍者に連れて行かれてしまうひまわり・・・。空腹のあまり、自分の腹音で目覚めるハヤト。するとハヤトは首に付け文を付けた一匹のミドリ亀に気付く。ハヤトが付け文を開きみるとそこには｢ひまわりは預かった｣と書かれている!一方しきみたちも、ひまわりを探しにハヤトの所へやってくる。その付け文をみて目的はハヤトだと気付くしきみたち。自分達が行く程の相手ではないと判断するしきみたち。ハヤトはしきみたちに見送られながら、1人ひまわりの救出に向かう!