继53年之后的《初音岛II》的故事顺利落下了帷幕之后，如今时间轴再一次回到了最初代的时间之前。
芳乃樱是一位元气活泼的小学三年级女生，每天和好友朝仓纯一与白河小鸟一起到风见学园上学，不过在她的身上却有着大家不为人知的秘密……
芳乃さくらは、明るく元気な小学3年生。親友のことりや幼馴染の純一と一緒に風見学園に通う、ごく普通の女の子。でも、そんな彼女にはみんなには言えない秘密があって…？
芳乃さくらは、明るく元気な小学３年生。親友のことりや幼馴染の純一と一緒に風見学園へ通う、ごく普通の女の子。でも、ただひとつ違っていたのは......さくらは時を越え、歴史を乱す悪を討つ。TP（タイムパラディン）だったのです！
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