《超时空要塞 ZERO》

1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。

经过调查之后发现，宇宙中有可能为人类历史上最大强敌的高等生物存在，于是各国政府冻结了国家之间的利害关系，成立了统合军，意图整合世界现有国家组成单一人类政府，并开始重建这艘代号为 ASS-1 的外星太空船。

然而，也就是在这个时候，以苏联为首的华约集团，却主张应重视各国之间文化的差异，而反对这项同盟，并组成反统合军同盟，与由西方国家主导的统合军对抗。

在2000到2007年之间，双方为取得外星人的遗迹与科技而在世界各地进行激烈的争夺与互角。

后世称为（第一次）统合战争。

2008年，统合战争告一段落，反统合军势力亦大致遭到压制。

据报在南太平洋的玛雅岛上发现外星人的遗迹，统合军便出动特遣舰队前往回收。

然而，同样得知消息的反统合军同盟残存势力也派出了特遣舰队，企图抢在统合军之前回收这项重要的技术，并扳回当前的颓势。

双方在这太平洋小岛的周边，展开了一场激烈的海空大战。

此时，主角工藤真以统合军战斗机飞行员的身分，加入了这场战斗。

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2002-12-21

第1话海与风

1999年、地球に落下した異星人の宇宙戦艦を巡り統合戦争が勃発。それ以来、パイロットたちは次々と失われ、少年たちが戦場に駆り出されていた。ある日、統合軍のパイロットであるシンは愛機「F-14」で出撃するが、反統合同盟の戦闘機に撃墜されてしまう。そして、彼は不時着したマヤン島で巫女のサラと出会う。
2003-05-23

第2话地上之星

マヤン島で穏やかな時間を過ごすシンは、自らの「F-14」を撃墜した敵可変戦闘機と統合軍の可変戦闘機の戦闘を目撃した。島の娘であるマオを助けようと島の中央に向かうシン。その時、彼の前に統合軍の可変戦闘機「VF-0」が不時着してきた。激しい戦闘と謎が交錯する中、シンは「VF-0」に飛び乗るのだった…。
2003-11-28

第3话苍之死斗

空母のアスカに帰還したシンは、可変戦闘機「VF-0」の操作に慣れないでいた。その頃、反統合同盟の潜水空母であるアウエルシュテットから「SV-51」が射出される。一方、統合軍もリアクティブ・アーマードバルキリーとデストロイドを投入し、洋上で激しい戦いを繰り広げる。その戦火は、マヤン島にまで広がり…。
2004-05-28

第4话密林

シンたちは、反統合同盟のノーラ部隊に捕らえられてしまった。だが、ハスフォード博士から「鳥の人」伝説を教わったシンとサラは、「鳥の人」の力でノーラ部隊から逃げ出し、マヤンの森の中をさまよう。そして、統合軍VS反統合同盟の「プロトカルチャー遺跡」争奪戦は、いよいよ最終局面を迎えようとしていた！
2004-10-22

第5话鸟之人

反統合同盟による爆撃で、火に包まれたマヤン島。戦いによる憎しみと悲しみの連鎖により、ついに「鳥の人」が目覚める。「鳥の人」奪取を急ぐ統合軍と反統合同盟は壮絶な戦いを繰り広げるが、圧倒的な破壊力を持つ「鳥の人」を前に、両陣営ともなすすべがない。一方、シンはサラを救い出すために出撃して…。